La Villa e i suoi annessi fabbricati vennero costruiti sulla riva del fiume Adige all’inizio del ‘600 dai Conti Buri. L’opera viene attribuita a Gian Antonio Spolverini, ma il disegno è di Domenico Brugnoli, nipote del Sanmicheli.
L’area della Villa includeva anche un grande parco di tredici ettari, a sua volta circondato da circa 300 ettari di campagna.
Giovanni Dabese Buri, figlio di Girolamo e Isotta Spolverini, diede al parco una struttura di giardino all’inglese.

La Villa ospitò nel dicembre del 1738 il duca di Lorena e la consorte Maria Teresa, regina d’Ungheria e arciduchessa d’Austria.

Dal 1880 la famiglia Buri continuò per ramo femminile e diventò Bernini Buri. L’ultimo conte che risiedette nella villa fu Giuseppe Bernini Buri, il quale rivestì anche incarichi di rilievo nel Partito Fascista.

Al termine della Seconda Guerra Mondiale, la villa fu oggetto di saccheggio da parte della popolazione locale e rimase per alcuni anni disabitata.

Nel 1951 Villa Buri ospitò alcuni alluvionati del Polesine.

Nel periodo successivo alla Seconda Guerra Mondiale, Mario Mazza fece della Villa un collegio Scout (1953-1959).

Nel 1961, la famiglia Bernini Buri, ancora proprietaria della Villa e del suo parco, affittò e poi vendette nel 1971 la proprietà ai Fratelli della Sacra Famiglia.

Nel 2002, i due imprenditori veronesi Salamon e Benatti acquistarono la villa e la concessero in comodato d’uso all’Associazione VILLA BURI onlus l’anno successivo.